Еще одна особенность Маркотха - резкая смена растительных сообществ. Причина заключается не только в высоте. Важны ориентация склона относительно солнца, количество осадков, движение воздушных масс и способность почвы удерживать влагу.
На стороне, обращенной к морю, встречаются участки можжевелового редколесья, кустарники и более устойчивые к сухим условиям растения. Здесь можно увидеть грабинник, боярышник, барбарис и другие виды, приспособленные к жаркому лету и ветру.
На противоположной стороне лес становится гуще. В составе древостоя заметную роль играют дуб, граб и бук. Получается интересный природный контраст: расстояние между двумя участками может быть совсем небольшим, а условия для растений уже заметно различаются.
Исследования флоры Маркотха подтверждают высокое видовое разнообразие территории. Здесь соседствуют лесные, кустарниковые, луговые и степные сообщества, а состав растительности постепенно меняется вместе с высотой и экспозицией склонов.